本区地表水水质较好，水质量有地带性特点，宜于饮用、灌溉和养鱼。额尔齐斯河被哈萨克民族喻为“母亲河”。但是，水资源空间分布很不均匀，土地资源地域组合不平衡，额尔齐斯河以北土地面积占 1／3，水量占9／10，而额尔齐斯河以南土地面积占2／3，水量却只有 1／10，给开发利用带来一定困难。河流径流的年径变化大，地表水年内分布也不均衡，主要集中在 5～8月，占全年总量的28％～82％，其中6月份1个月就占全年总量的29％～34％。

水能资源阿勒泰地区水能资源十分丰富，水能蕴藏量342万千瓦，具备良好开发条件的站址32处，可装机215万千瓦，年发电量达96亿千瓦小时。目前，水电装机仅有4.6万千瓦，占可开发装机总容量的2％。水能资源与水资源分布一样，西多东少，北多南少，并且分布于山区，发电与灌溉不争水，电站尾水经反调节可以用于灌溉，开发潜力很大。