新疆自然保护区总面积为 112.248平方千米，占到新疆总面积的 7.06％，占全国已建自然保护区总面积的16.36％。另外；还有准噶尔赛加羚羊、西伯利亚落叶松、额尔齐斯河杨柳、阿尔泰红松、福海布伦托海、沙吾尔草原、赛里木湖、特克斯草原、博斯腾湖、塔里木野骆驼、昆仑圆柏等十多个自然保护区正在筹建之中。新疆自然保护区面积位居全国第一。

    这些自然保护区，按其保护对象可分为珍稀动物、珍稀植物、原始生态景观三大类，但多数自然保护区往往二者甚至三者保护功能兼而有之。

新疆属于珍稀动物类的自然保护区主要有阿尔金山自然保护区、巴音布鲁克天鹅保护区、卡拉麦里山有蹄类野生动物保护区、布尔根河狸保护区、塔什库尔干自然保护区、阿尔金山野骆驼保护区、霍城四爪陆龟保护区、伊犁黑蜂保护区和温泉新疆北鲵自然保护区共9个。

新疆属于以野生植物、自然景观为主的自然保护区有12个，它们分别是天池自然景观保护区、喀纳斯自然景观保护区、托木尔峰自然保护区、甘家湖梭梭林自然保护区、巩留野核桃自然保护区、巩留天山云杉自然保护区、伊犁小叶白蜡保护区、

塔里木盆地胡杨保护区、塔城野巴旦杏自然保护区、巩乃斯天山中部那孜一确鹿特草甸类草地自然保护区、福海金塔斯山地草原类草地自然保护区、奇台荒漠、半荒漠草地自然保护区。