负责《水法》等有关法律法规的组织实施和监督检查，归口管理地方性水法规、政策规范性文件；负责全地区水资源的统一管理和保护工作，对各县（市）进行业务指导和协调；实施指导水政检查和水行政执法工作；承办部门间、县（市）间及兵团之间水事纠纷的协调和仲裁工作；承办水利局行政诉讼、行政复议和法规宣教工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；对国际河流经授权后实行管理和执行有关收费业务；负责组织编制年度水资源公报；拟定地区及县（市）间水量分配方案并组织实施；组织指导建设项目的水资源论证工作；组织水功能区的划分和向引水区等水域排污的控制，监测河、湖、库的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；管理和指导地区计划用水、节约用水和城市供水的水源规划。